L’IFÉ structure et contribue au développement de réseaux de recherche en éducation sur des questions d’apprentissage, d’enseignement, de formation ou de pilotage, de la maternelle à l’enseignement supérieur. Ces réseaux favorisent une synergie entre des institutions, des unités de recherche et des structures éducatives ayant des préoccupations partagées. Ils se déploient sur des territoires académiques, nationaux ou internationaux et réunissent des acteurs des mondes de la recherche, de l’éducation, de la formation et des politiques éducatives. Ces réseaux produisent des connaissances scientifiques, des savoirs professionnels, des ressources pour soutenir l’action des professionnels de l’éducation.

Certains réseaux s’inscrivent dans un dispositif institutionnel piloté et animé par l’IFÉ, par exemple la Chaire UNESCO « Former les enseignants du 21e siècle », d’autres correspondent davantage à des réseaux plus informels, sur des thématiques portées par l’IFÉ, comme le développement professionnel des acteurs du supérieur ou les nouveaux espaces d’apprentissage. Certains réseaux sont structurés à partir d’un paradigme de recherche, par exemple les Lieux d’éducation associés (LéA – IFÉ), d’autres se déploient autour d'un programme scientifique, par exemple le programme Néopass, auquel s’adosse un réseau de recherche et de formation autour de la vidéoformation,

L’IFÉ anime ces réseaux en organisant des temps de travail internes ou des manifestations ouvertes, en outillant la collaboration entre les différents participants, en coordonnant des ouvrages collectifs, des appels à projet, ou en valorisant les productions issues de leurs activités.