Dans le cadre de son projet scientifique, l’IFÉ impulse et accompagne le développement d’actions de recherche en éducation de la maternelle à l’université. Les recherches bénéficiant du soutien de l’IFÉ sont retenues dans un souci d’équilibre entre pertinence scientifique et pertinence pour le système éducatif, dans une pluralité d’approches. Les recherches conduites produisent une expertise scientifique sous forme de publications et de ressources robustes pour l’enseignement, la formation et le pilotage. Les actions qui associent les acteurs éducatifs aux travaux de la recherche contribuent également au développement professionnel de tous les acteurs.  
L’Institut contribue à construire des milieux de recherche en proposant un appui au financement, au travail d’ingénierie et de coordination, voire en facilitant un pilotage stratégique à différents niveaux. Il participe aux activités de recherche (problématisation, recueil de données, analyses et publication scientifique). En appui sur ses partenaires recherche et institutionnels, il structure et coordonne des réseaux de recherche au niveau local, national ou international. En interaction avec les milieux de pratiques, les gouvernances institutionnelles et différents courants de recherche, l’IFÉ contribue à repérer de nouveaux objets de recherche en éducation.