Les travaux de recherche de Martine Jaubert s’inscrivent dans le champ de la didactique du français, selon trois axes principaux, qui correspondent aux trois axes de recherche de l’équipe E3D :

Axe 1 : recherches sur l’épistémologie des savoirs scolaires en Langue et Littérature.

Les travaux menés en collaboration avec Jean-Paul Bernié et Maryse Rebière, croisent les développements linguistiques autour des théories énonciatives, avec les perspectives vygotskiennes. Il s’agit dans ce cadre de repenser  certains concepts linguistiques (Communautés discursives, positionnement énonciatif, genre discursif…) pour les inscrire dans une problématique didactique (« Communauté discursive disciplinaire scolaire »,  « posture », « hétéroglossie », « secondarisation »…).

Axe 2 : recherches sur le langage et les apprentissages  disciplinaires

Les travaux menés dans le cadre de cet axe sont principalement organisés autour de la question des pratiques langagières qui caractérisent différentes disciplines et leurs fonctions dans les apprentissages : identifier le poids des usages langagiers premiers, les conditions des déplacements énonciatifs, le rôle de ces déplacements dans la construction des savoirs.

Axe 3 : recherches sur les pratiques d’enseignement du français et la formation des enseignants

Ces études portent sur l’identification de gestes professionnels langagiers susceptibles de faire acquérir les manières d’agir-parler-penser constitutives des savoirs en jeu dans les situations didactiques ainsi que sur leurs structuration en « scénarios », principalement dans le domaine de l’enseignement de la lecture.